Этиологическая структура энтеровирусного менингита в Екатеринбурге до и после пандемии COVID‑19

Введение. Заболеваемость энтеровирусным менингитом в Екатеринбурге долго превышала средние показатели по России. В результате санитарно-противоэпидемических и ограничительных мероприятий, связанных с пандемией COVID-19, произошло снижение заболеваемости, что привело к сокращению циркуляции неполиомиелитных энтеровирусов и создало риски для возобновления развития неблагоприятной эпидситуации после снятия ограничений.

Цель работы — провести сравнительный анализ неполиомиелитных энтеровирусов, выделенных в Екатеринбурге от больных энтеровирусным менингитом до и после пандемии COVID-19.

Материалы и методы. Генотипирование положительных образцов (ликвора, мазка из зева, фекалий) от больных серозным менингитом проводили c помощью сервиса BLAST, анализируя нуклеотидную последовательность, кодирующую белок VP1. Множественное выравнивание и филогенетический анализ проводили в программном обеспечении MEGA.

Результаты. В 2022 г. после снятия ограничительных мероприятий заболеваемость энтеровирусным менингитом в Екатеринбурге возросла в 10 раз по сравнению с предыдущим годом (3,390 на 100 тыс. жителей), но оставалась в 6,5 раз ниже среднемноголетнего уровня (22 035 на 100 тыс. населения). Обнаружены 7 типов неполиомиелитных энтеровирусов: 2 вида А (Coxsackievirus A4, Enterovirus A71) и 5 видов В (Coxsackievirus A9 и B2, Echovirus 6, 7, 9). По результатам лидировал Coxsackievirus А9, за которым следовал Echovirus 6.

Обсуждение. В 2022 г. Coxsackievirus A9 преобладал в структуре энтеровирусного менингита, не являясь эпидемически значим и редко обнаруживался в ликворе больных. Echovirus 6, второй по частоте обнаружения, является характерным для Уральского федерального округа. Остальные вирусы (Coxsackievirus A4 и B2, Echovirus 7 и 9, Enterovirus A71) также выявлялись у пациентов с энтеровирусным менингитом до пандемии COVID-19.

Заключение. После отмены всех мероприятий после пандемии COVID-19, в 2022 г. заболеваемость энтеровирусным менингитом в Екатеринбурге возросла за счет восстановления циркуляции неполиомиелитных энтеровирусов.

1. Zell R, Delwart E, Gorbalenya AE, Hovi T, King AMQ, Knowles NJ, et al. ICTV virus taxonomy profile: Picornaviridae. Journal of General Virology. 2017;98(10):2421–2422. DOI: https://doi.org/10.1099/jgv.0.000911.

2. Pons-Salort M, Parker EPK, Grassly NC. The epidemiology of non-polio enteroviruses: Recent advances and outstanding questions. Current Opinion in Infectious Diseases. 2015;28(5):479–487. DOI: https://doi.org/10.1097/QCO.0000000000000187.

3. Mehand MS, Al-Shorbaji F, Millett P, Murgue B. The WHO R&D Blueprint: 2018 review of emerging infectious diseases requiring urgent research and development efforts. Antiviral Research. 2018;159:63–67. DOI: https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2018.09.009.

4. Majer A, McGreevy A, Booth TF. Molecular pathogenicity of enteroviruses causing neurological disease. Frontiers in Microbiology. 2020;11:540. DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.00540.

5. Ustyuzhanin AV, Rezaikin AV, Sergeev AG, Snitkovskaya TE. Impact of molecular-genetic surveillance for estimation of virulence and epidemicity of non-polio enterovirus strains in population. Journal of Ural Medical Academic Science. 2015;(1):72–76. (In Russ.). EDN: https://elibrary.ru/tsgpgf.

6. Yarmolskaya MS, Shumilina EY, Ivanova OE, Drexler JF, Lukashev AN. Molecular epidemiology of echoviruses 11 and 30 in Russia: Different properties of genotypes within an enterovirus serotype. Infection, Genetics and Evolution. 2015;30:244–248. DOI: https://doi.org/10.1016/j.meegid.2014.12.033.

7. Romanenkova NI, Bichurina MA, Golitsyna LN, Rozaeva NR, Kanaeva OI, Cherkasskaya IV, et al. Nonpolio enteroviruses which caused the rise of enterovirus infection on some territories of Russia in 2016. Journal Infectology. 2017;9(3):98–108. (In Russ.). DOI: https://doi.org/10.22625/2072-6732-2017-9-3-98-108.

8. Golitsyna LN, Zverev VV, Selivanova SG, Ponomareva NV, Kashnikov AYu, Sozonov DV, et al. Etiological structure of enterovirus infections in the Russian Federation in 2017–2018. Public Health and Life Environment — PH&LE. 2019;(8):30–38. (In Russ.). DOI: https://doi.org/10.35627/2219-5238/2019-317-8-30-38.

9. Chalapa VI, Rezaikin AV, Usoltseva PS, Alimov AV. Enteroviral infection in Ural Federal District and Western Siberia: Results of surveillance using molecular techniques. Medical Alphabet. 2020;(18):38–43. (In Russ.). DOI: https://doi.org/10.33667/2078-5631-2020-18-38-43.

10. Lee HH, Lin SH. Effects of COVID-19 prevention measures on other common infections, Taiwan. Emerging Infectious Diseases. 2020;26(10):2509–2511. DOI: https://doi.org/10.3201/eid2610.203193.

11. Bruggink LD, Garcia-Clapes A, Tran T, Druce JD, Thorley BR. Decreased incidence of enterovirus and norovirus infections during the COVID-19 pandemic, Victoria, Australia, 2020. Communicable Diseases Intelligence. 2021;45. DOI: https://doi.org/10.33321/cdi.2021.45.5.

12. Luciani L, Ninove L, Zandotti C, Nougairède A. COVID‐19 pandemic and its consequences disrupt epidemiology of enterovirus meningitis, South-East France. Journal of Medical Virology. 2021;93(4):1929–1931. DOI: https://doi.org/10.1002/jmv.26785.

13. Nix WA, Oberste MS, Pallansch MA. Sensitive, seminested PCR amplification of VP1 sequences for direct identification of all enterovirus serotypes from original clinical specimens. Journal of Clinical Microbiology. 2006;44(8):2698–2704. DOI: https://doi.org/10.1128/JCM.00542-06.

14. Kumar S, Stecher G, Tamura K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular Biology and Evolution. 2016;33(7):1870–1874. DOI: https://doi.org/10.1093/molbev/msw054.

15. Efron B, Halloran E, Holmes S. Bootstrap confidence levels for phylogenetic trees. Proceedings of the National Academy of Sciences. 1996;93(23):13429–13429. DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.93.23.13429.

16. Kimura M. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. Journal of Molecular Evolution. 1980;16(2):111–120. DOI: https://doi.org/10.1007/bf01731581.

17. Noisumdaeng P, Korkusol A, Prasertsopon J, Sangsiriwut K, Chokephaibulkit K, Mungaomklang A, et al. Longitudinal study on enterovirus A71 and coxsackievirus A16 genotype/subgenotype replacements in hand, foot and mouth disease patients in Thailand, 2000–2017. The International Journal of Infectious Diseases. 2019;80:84–91. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ijid.2018.12.020.

18. Takahashi S, Liao Q, Van Boeckel TP, Xing W, Sun J, Hsiao VY, et al. Hand, foot, and mouth disease in China: Modeling epidemic dynamics of enterovirus serotypes and implications for vaccination. PLоS Medicine. 2016;13(2):e1001958. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pmed.1001958.

19. Kobayashi K, Nishimura H, Mizuta K, Nishizawa T, Chu ST, Ichimura H, et al. Virulence of enterovirus A71 fluctuates depending on the phylogenetic clade formed in the epidemic year and epidemic region. Journal of Virology. 2021;95(23):e0151521. DOI: https://doi.org/10.1128/JVI.01515-21.

20. Ustyuzhanin A, Rezaikin A, Sergeyev A, Palitsina Ya. Molecular and genetic characteristics of enteroviruses circulating in Ekaterinburg from 2010 to 2012 among clinically healthy children. MIA Medical Bulletin. 2013;65(4):54–57. (In Russ.). EDN: https://elibrary.ru/qikhml.

21. Sergeev AG, Ustyuzhanin AV, Rezaikin AV, Alimov AV. Assessment of the epidemiological danger of strains of non-polio enteroviruses circulating among the population based on the results of molecular genetic monitoring. The Far Eastern Journal of Infectious Pathology. 2015;(28):20–26. (In Russ.). EDN: https://elibrary.ru/umasfj.

22. Ustyuzhanin AV, Rezaikin AV, Snitkovskaya TE, Scryabina SV, Sabitov AU, Hamatova JB, et al. Analysis of phylogenetic relationships of enteroviruses isolated from patients with serous meningitis in Yekaterinburg and the Sverdlovsk Region in 2008. Ural Medical Journal. 2011;(13):19–24. (In Russ.). EDN: https://elibrary.ru/seupxj.

23. Ustyuzhanin AV, Rezaikin AV, Snitkovskaya TE, Scryabina SV, Sergeev AG. Phylogenetic analysis of the ECHO6 virus, the causative agent of serous meningitis in the territory of Yekaterinburg and the Sverdlovsk Region in the period from 2005 to 2012. Public Health and Life Environment — PH&LE. 2013;(9):35–38. (In Russ.). EDN: https://elibrary.ru/rcrxwx.

24. Broberg EK, Simone B, Jansa J; EU/EEA Member State contributors. Upsurge in echovirus 30 detections in five EU/EEA countries, April to September, 2018. Eurosurveillance. 2018;23(44):1800537. DOI: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2018.23.44.1800537.

25. Alimov AV, Feldblyum IV, Akimkin VG, Zakharova YA, Sergeev AG, Piterskiy MV, et al. Epidemiological surveillance and control of enterovirus (non-polio) infection: Current problems and solutions. Ekaterinburg: Yunika; 2021. 181 p. (In Russ.). EDN: https://elibrary.ru/lywiqc.

26. Ustyuzhanin AV, Rezaikin AV, Sergeev AG, et al. Molecular epidemiology of the ECHO30 virus, the causative agent of serous meningitis in the Sverdlovsk region in the period from 2007 to 2016. Journal Infectology. 2017;9(2S):73–74. (In Russ.). EDN: https://elibrary.ru/zcxjzf.